Der Reifevorgang, der die Löcher entstehen lässt, nennt sich Propionsäuregärung. Der Milch werden bestimmte Propionsäurebakterien zugeführt. Diese bauen die bei der Vergärung des Milchzuckers durch Milchsäurebakterien entstehende Milchsäure weiter ab zu Propionsäure, Essigsäure und CO2. Zu Beginn des Milchsäureabbaus bindet sich das CO2 mit Wasser. Ist das im Käse vorhandene Wasser mit CO2 gesättigt, wird das CO2 in Gasform frei. Durch die Rindenbildung beim Käse kann das Gas nicht mehr entweichen, es sammelt sich an schlecht verwachsenen Stellen im Käseteig und bildet Hohlräume – die Löcher im Käse. Je nachdem, wie viele Bakterien in die Milch kommen und wie der Käse gelagert wird, ergeben sich mehr oder weniger, kleinere oder größere Löcher.

Größe, Form und Verteilung der Löcher geben genauestens Auskunft über den Verlauf der Reifung und somit über die Qualität des Käses. Bekannt für seine Löcher ist etwa der Emmentaler.

Die kleineren Löcher, etwa beim Tilsiter, entstehen bereits vor der Reifung und unterscheiden sich von oben genannten. Hier wird der Käse vor der Reifung in Formen verteilt und nur leicht angepresst. Die lockere Schichtung des Käsebruchs lässt dann die kleinen Löcher entstehen.